Procedentes de Marañón existen 4 estelas funerarias de época romana; tres de ellas se encontraban en la pared del cementerio formando parte del material constructivo, y la cuarta en las proximidades del molino de San Pedro. También dentro de su término se localiza un interesante yacimiento arqueológico, en el abrigo rocoso de La Peña*.

Su castillo fue en los siglos XI y XII el centro de una de las más importantes “tenencias” del reino. El monarca Alfonso I el Batallador concedió fueros (1124-1134) a sus pobladores. Estos debieron de desarrollar el núcleo de Lapoblación, con el que formó durante toda la Edad Media un mismo concejo el lugar de Marañón. Su estratégica ubicación en la frontera con Castilla la sumergió en las contiendas entre los dos reinos, siendo testigo de conflictos como las guerras de 1379, donde los ejércitos castellanos incendiaron la localidad. Este enclave histórico revela vestigios de una fortificación medieval, narrando así sus tiempos de enfrentamientos.
Con la reorganización provincial de 1822, Marañón se integró a la provincia de Álava, aunque la historia caprichosa lo devolvió administrativamente a Navarra, tras la derogación de las decisiones de Fernando VII (III de Navarra). En 1845, se desligó de Lapoblación al disolverse el valle de Aguilar..